آیتالله مکارم‌شیرازی گفت: در دوران طاغوت زمانی که بحث‌های انقلابی اوج گرفت از سوی دولت به حوزه علمیه پیشنهاد شد که قم به عنوان کشور مستقل مانند واتیکان در اختیار علما و مراجع گذاشته شود؛ هدف آن‌ها این بود که مرجعیت و حوزه را به کلی منزوی کنند بنابراین این پیشنهاد به شدت از سوی علما رد شد.